广东生态工程职业学院工会前身是成立于1974年11月的广东省林业职业技术学校工会，2019年4月组织关系从广东省林业局工会转到广东省教科文卫工会委员会管理。2019年5月正式变更为广东生态工程职业学校工会，并选举产生第一届工会委员会。
2022年4月，经广东省教科文卫工会批复同意，学校工会换届选举产生广东生态工程职业学校第二届工会委员会，设委员9名，主席、副主席、组织委员、宣传委员、青工委员、经审委员、生活委员、女工委员、文体委员各1人。下设经费审查委员会、女教职工委员会、提案工作委员会三个部门和33个工会小组。截至2024年4月，学校工会共有会员740余人，教职工代表61人。
曾获得广东省“模范职工之家”奖、全国“模范职工之家”奖、全国工会系统“五五普法先进单位”奖、多次获得全国“安康杯”优胜单位奖。
